GitHub / aphp 49 Dépôts
aphp/HELIX
HELIX (Health and Exploration Lab for Innovative eXperiments) is an AP‑HP open‑source platform that bundles data lab and clinical research tools into a secure, easily deployable Kubernetes stack.
langage: Python - taille: 231 ko - dernière synchronisation: il y a environ 23 heures - enregistré: il y a 2 jours - étoiles: 2 - forks: 0
aphp/kerberos-kinit
This is a simple docker image continuously refreshing a krb5 ticket cache. It is intended to be used in K8S as a side-car runing in a pod needing such authentication mechanism.
langage: Shell - taille: 9,77 ko - dernière synchronisation: il y a 4 jours - enregistré: il y a 4 jours - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/jupyter-eds-notebooks
Ce projet regroupe une collection d'images basées sur la Jupyter Docker Stack, permettant l'utilisation de notebooks Jupyter spécifiques à un Datalab APHP
langage: Shell - taille: 27,3 ko - dernière synchronisation: il y a 4 jours - enregistré: il y a 4 jours - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/edsnlp
Modular, fast NLP framework, compatible with Pytorch and spaCy, offering tailored support for French clinical notes.
langage: Python - taille: 145 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 8 jours - étoiles: 148 - forks: 37
aphp/SPHERE
A research PACS Solution adapted to Big Data Plateform
langage: Python - taille: 2,85 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a presque 4 ans - étoiles: 8 - forks: 0
aphp/ci-workflows
This repository hosts GitHub Workflows examples to be used in APHP Projects
taille: 65,4 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 8 jours - étoiles: 0 - forks: 1
aphp/mkdocs-eds
Various plugins and extensions to customize mkdocs
langage: CSS - taille: 108 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 9 jours - étoiles: 2 - forks: 0
aphp/Cohort360-AdministrationPortal
langage: TypeScript - taille: 3,9 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 9 jours - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/Cohort360-FrontEnd
A web application to find patients, build cohorts and visualize health records
langage: TypeScript - taille: 116 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 9 jours - étoiles: 54 - forks: 9
aphp/eds-pseudo
EDS-Pseudo is a hybrid model for detecting personally identifying entities in clinical reports
langage: Python - taille: 4,83 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 2 mois - étoiles: 64 - forks: 8
aphp/foldedtensor
PyTorch extension for handling deeply nested sequences of variable length
langage: Python - taille: 127 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 3 mois - étoiles: 13 - forks: 0
aphp/edspdf
EDS-PDF is a generic, pure-Python framework for text extraction from PDF documents. It provides the machinery to use rule- or machine-learning-based approaches to classify text blocs between body and meta-data.
langage: Python - taille: 8,93 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 10 mois - étoiles: 58 - forks: 7
aphp/redcap-helmchart
APHP REDCap cloud-native and vendor-agnostic HelmChart
langage: Smarty - taille: 10,9 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 12 jours - étoiles: 4 - forks: 5
aphp/formbuilder
The AP-HP FormBuilder allows building (creating and editing) forms in FHIR - R4 format (Questionnaire). It is based on the NLM FormBuilder, an open-source project developed by the Lister Hill National Center for Biomedical Communication (LHNCBC).
langage: TypeScript - taille: 1,27 Mo - dernière synchronisation: il y a 7 jours - enregistré: il y a environ un mois - étoiles: 1 - forks: 0
aphp/IG-fhir-dm
FHIR Implementation Guide for Data Management
langage: Python - taille: 155 Mo - dernière synchronisation: il y a 4 jours - enregistré: il y a 9 jours - étoiles: 7 - forks: 1
aphp/demo-fhir-dm
langage: Roff - taille: 2,54 Mo - dernière synchronisation: il y a 5 jours - enregistré: il y a environ 2 mois - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/flash-attention Fork de Dao-AILab/flash-attention
Fast and memory-efficient exact attention
taille: 7,01 Mo - dernière synchronisation: il y a environ un mois - enregistré: il y a environ 2 mois - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/edsteva
EDS-TeVa provides a set of tools that aims at modeling the adoption over time and across space of the Electronic Health Records.
langage: Python - taille: 7,97 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a environ 2 ans - étoiles: 14 - forks: 0
aphp/ig-template-aphp
langage: HTML - taille: 995 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a environ 2 mois - étoiles: 0 - forks: 1
aphp/eds-scikit
eds-scikit is a Python library providing tools to process and analyse OMOP data
langage: Python - taille: 19,5 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 12 mois - étoiles: 43 - forks: 6
aphp/fhir-mapbuilder
FHIR MapBuilder is a Visual Studio Code extension designed to facilitate the edition of FHIR StructureMap resources using FHIR Mapping Language (FML).
langage: TypeScript - taille: 5,79 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 3 mois - étoiles: 5 - forks: 2
aphp/confit
Confit is a complete and easy-to-use configuration framework aimed at improving the reproducibility of experiments by relying on the Python type annotations, minimal configuration files and a robust CLI.
langage: Python - taille: 2,58 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 2 mois - étoiles: 11 - forks: 0
aphp/prism-lang-fsh
A Prism.js language definition plugin for FHIR Shorthand
langage: JavaScript - taille: 114 ko - dernière synchronisation: il y a 4 jours - enregistré: il y a 3 mois - étoiles: 0 - forks: 1
aphp/prism-lang-fml
A Prism.js language definition plugin for FHIR Mapping Language (FML)
langage: JavaScript - taille: 52,7 ko - dernière synchronisation: il y a 4 jours - enregistré: il y a 3 mois - étoiles: 0 - forks: 1
aphp/heemod
Markov Models for Health Economic Evaluations
langage: R - taille: 33,6 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 6 mois - étoiles: 17 - forks: 3
aphp/IG-fhir-formbuilder
The FHIR Implementation Guide of the FormBuilder is available:
langage: GLSL - taille: 3,18 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 3 mois - étoiles: 3 - forks: 0
aphp/Cohort360-Back-end
Part of the Cohort360 Project @ https://github.com/aphp/Cohort360, backend of the Cohort360 web app @ https://github.com/aphp/Cohort360-FrontEnd and the Administration Portal @ https://github.com/aphp/Cohort360-AdministrationPortal
langage: Python - taille: 3,2 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 12 jours - étoiles: 7 - forks: 1
aphp/spark-solr Fork de lucidworks/spark-solr
Tools for reading data from Solr as a Spark RDD and indexing objects from Spark into Solr using SolrJ.
langage: Scala - taille: 5,21 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 4 mois - étoiles: 0 - forks: 1
aphp/Cohort360-QueryExecutor
langage: Scala - taille: 591 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 4 mois - étoiles: 2 - forks: 0
aphp/eds-central-database
Data catalog and processing pipelines to build a centralized FHIR-based database in the AP-HP Health Data Warehouse (Entrepôt de Données de Santé).
langage: CSS - taille: 712 ko - dernière synchronisation: il y a 4 mois - enregistré: il y a 5 mois - étoiles: 3 - forks: 1
aphp/Cohort360
langage: HTML - taille: 9,5 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 5 mois - étoiles: 1 - forks: 0
aphp/redcap-containers
A set of container images used to run APHP REDCap Helmchart
langage: Dockerfile - taille: 53,7 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 19 jours - étoiles: 0 - forks: 2
aphp/rgho
:globe_with_meridians:Access WHO Global Health Observatory Data From R
langage: R - taille: 168 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 6 mois - étoiles: 5 - forks: 0
aphp/hl7.fhir.fr.core Fork de Interop-Sante/hl7.fhir.fr.core
FHIR FrCore Implementation Guide
taille: 1,94 Mo - dernière synchronisation: il y a 4 jours - enregistré: il y a 6 mois - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/IG-FHIR-EDS-SOCLE-COMMUN Fork de ansforge/IG-FHIR-EDS-SOCLE-COMMUN
Guide d'implémentation FHIR du socle EDS
langage: GLSL - taille: 555 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 10 mois - étoiles: 2 - forks: 0
aphp/synthea Fork de synthetichealth/synthea
Synthetic Patient Population Simulator
langage: Java - taille: 133 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 8 mois - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/edstuto
A variety of tutorials introducing some issues related to the analysis of health real world data available for researchers in clinical data warehouses.
langage: Jupyter Notebook - taille: 16,9 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a environ 2 ans - étoiles: 4 - forks: 1
aphp/spaCy Fork de explosion/spaCy
💫 Industrial-strength Natural Language Processing (NLP) in Python
langage: Python - taille: 178 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/federation-api
langage: Python - taille: 104 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a 12 mois - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/ipptoinclusion
langage: R - taille: 16,6 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus d'un an - étoiles: 1 - forks: 0
aphp/spark-etl
Better bridge apache spark and postgresql
langage: Scala - taille: 6,85 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a environ 2 ans - étoiles: 23 - forks: 8
aphp/py-hdfs-mount 📦
Mount HDFS with fuse, works with kerberos!
langage: Python - taille: 15,6 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus de 4 ans - étoiles: 18 - forks: 9
aphp/UimaOnSpark 📦
Way to run Uima Pipelines on Apache Spark
langage: Scala - taille: 23,4 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus de 4 ans - étoiles: 10 - forks: 4
aphp/uima-aphp 📦
A set of module for multiple NLP pipelines
langage: Java - taille: 14,5 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus de 4 ans - étoiles: 2 - forks: 1
aphp/edspdf-poppler
Poppler extension for EDS-PDF
langage: Python - taille: 1,53 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus de 2 ans - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/edspdf-mupdf
MuPDF extension for EDS-PDF
langage: Python - taille: 1,56 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus de 2 ans - étoiles: 0 - forks: 0
aphp/HiveQLKernel
HiveQL Jupyter Kernel
langage: Python - taille: 61,5 ko - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 10 - forks: 5
aphp/dsfaker
Time series Generator
langage: Python - taille: 2,35 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 6 - forks: 4
aphp/thinc Fork de explosion/thinc
🔮 A refreshing functional take on deep learning, compatible with your favorite libraries
langage: Python - taille: 9,57 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 jours - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0