forgemia.inra.fr / umr-gdec 16 Dépôts
Projects of UMR Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales. https://www6.clermont.inra.fr/umr1095 Contacts: <frederic.choulet@inra.fr> <helene.rimbert@inra.fr> <pauline.lasserre-zuber@inrae.fr> <fabien.leloup@inrae.fr>
umr-gdec/magatt
Pipeline used to tranfert gene annotation (GFF3) between different versions of assemblies.
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umr-gdec/ateliers-codons
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umr-gdec/agr-ancestral-genome-reconstruction
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umr-gdec/omics-integration-on-poplar
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umr-gdec/aegilops_umbellulata
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umr-gdec/nf-remapmarkers
scripts to remap markers as pairs of bait sequences or context sequences.
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umr-gdec/bwgs
Package for BreedWheat Genomic Selection pipeline
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umr-gdec/wheatdata
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umr-gdec/scripts_files
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umr-gdec/gps
Scripts used in: "Integration of genomic selection into winter-type bread wheat breeding schemes: a simulation pipeline including economic constraints" S. Ben-Sadoun, A. Fugeray-Scarbel, J. Auzanneau, G. Charmet, S. Lemarié, S. Bouchet
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umr-gdec/isbpfinder
isbpFinder is a Perl script dedicated to design ISBP (Insertion Site Based Polymorphism) markers.
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umr-gdec/clari-te
"clariTE.pl" is a program that post process the xm output file of RepeatMasker.
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umr-gdec/biotools
Perl scripts.
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