iah-public/localzprojector

Local z-projection via the determination of a plane of reference.

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iah-public/20241008_remote_python_bioimage_analysis_course_day2

Remote bio-image analysis course with python. Website: https://iah-public.pages.pasteur.fr/20241008_remote_python_bioimage_analysis_course_day2

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iah-public/2024_swistak_et_al_code

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iah-public/2d-frames-registration-with-bunwarpj

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iah-public/ltravier_brain-ventricles-volume-measurement

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iah-public/clostridioides-difficile-binary-toxin-cdt-induces-biofilm-like-persisting-microcolonies

Python code for the image analysis performed for the paper "Clostridioides difficile binary toxin CDT induces biofilm-like persisting microcolonies" J. MEZA TORRES et al.

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iah-public/DeProj

Deprojection of a 2D segmentation onto a 2.5D mesh

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iah-public/automated_segmentation_mycobacterium_tuberculosis_snapshots

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iah-public/TrackingPerformance

Tools to measure tracking performance with the ISBI Challenge on Single-Particle Tracking metrics. I adapted and copied code from by N. Chenouard, F. De Chaumon and S. Dallongeville so that it can run in batch and without Icy.

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iah-public/bioimage_analysis_with_python_course

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iah-public/hpyloridegradosomeanalysis

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iah-public/2023_neubias_pasteur_dask_course

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iah-public/ptrmiad-thomaidou

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iah-public/nuclei-identification-in-cells-infected-by-chlamydia

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iah-public/invert-transform-bunwarpj

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iah-public/cparada

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iah-public/CellContactAnalyzer

A Fiji tool to detect, track and analyze cell-to-cell contacts. First reported in Samassa et al., 2020, "Shigella impairs human T lymphocyte responsiveness by hijacking actin cytoskeleton dynamics and TCR vesicular trafficking"

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