agap/workflows/bs-seq

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agap/workflows/comparativegenomics

A Snakemake workflow to identify syntenic blocks and orthogroup for a set of species

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agap/workflows/rna_seq

A Snakemake workflow for producing count matrix suitable for differential expression analysis and formatted for DIANE.

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agap/workflows/genomeassembly

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agap/workflows/snakeblast

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agap/workflows/indexing_genome

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agap/workflows/cactus-pangenome

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agap/workflows/funcannotate

# A snakemake workflow for functional annotation

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agap/workflows/GATK

A snakemake workflow for SNP Calling using GATK4

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agap/workflows/gene-family

A snakemake workflow for phylogenetic analysis of protein families

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agap/workflows/cutandtag

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